Quanto Custa Manter o CNPJ de Clínica Médica Por Ano

Foto: Pavel Danilyuk / Pexels

Abrir o CNPJ é o dia mais barato da vida da empresa. O que pesa vem depois — e vem todo mês, todo ano, mesmo nos meses em que você atende menos. Para uma clínica médica que fatura R$ 15.000 por mês, manter o CNPJ de pé custa R$ 24.492,00 por ano, ou R$ 2.041,00 por mês. Este texto abre esse número linha por linha, inclusive a que quase ninguém coloca na planilha: a anuidade do CRM da pessoa jurídica, que é cobrada por faixa de capital social.

Quase toda conta que se encontra sobre clínica médica para no imposto. O imposto é importante, mas é só uma das linhas — e, no exemplo desta página, ele é menos da metade do total. As outras três são o INSS do seu próprio pró-labore, a contabilidade e a anuidade do conselho. Juntas, elas somam mais do que muita gente imagina, e são as mais fáceis de esquecer justamente porque não chegam com o nome de "imposto".

Há ainda uma diferença de método que muda tudo: esta página não é sobre abrir. É sobre manter. A taxa da Junta, o contrato social, o alvará inicial — isso é custo de uma vez só. O que este texto mede é o que sai do caixa no segundo ano, no terceiro e no quinto, quando ninguém mais lembra de somar.

As quatro linhas que saem do caixa todo ano

Antes de qualquer número, vale separar o que é o quê. Manter um CNPJ de clínica médica no Simples Nacional tem quatro custos recorrentes, e eles têm naturezas completamente diferentes: um é tributo, um é previdência, um é serviço contratado e um é registro profissional. Confundir os quatro é o que faz a conta parecer imprevisível.

A tabela abaixo é o mapa. Ela não tem valores ainda de propósito — o que importa aqui é entender quem manda em cada linha, porque é isso que determina o que você consegue mudar e o que não consegue.

As bases legais de cada linha: o DAS no art. 18 da Lei Complementar nº 123/2006; a contribuição do sócio no art. 21 da Lei nº 8.212/1991; o registro da pessoa jurídica no conselho na Lei nº 6.839/1980, art. 1º; e a obrigatoriedade da escrituração contábil no art. 1.179 do Código Civil.

Repare que três das quatro linhas você influencia, e uma delas você decide de uma vez só, no dia da abertura, e depois convive com ela por anos. É a anuidade — e é por isso que ela ganhou uma seção inteira aqui.

A anuidade do CRM é cobrada por faixa de capital social

Este é o ponto que quase ninguém conta antes da abertura. Quando a clínica se registra no Conselho Regional de Medicina — e ela é obrigada a se registrar, porque a atividade básica da pessoa jurídica é a medicina (Lei nº 6.839/1980, art. 1º) — a anuidade dela não é um valor único. Ela é escalonada pelo capital social declarado no contrato social.

A Resolução CFM nº 2.447/2025 fixa a anuidade do médico pessoa física em R$ 948,00 e a da pessoa jurídica numa escala que vai de R$ 948,00 a R$ 7.584,00, conforme a faixa de capital. Quem escreve um capital social alto "para dar credibilidade" está, sem saber, escolhendo uma anuidade maior para todos os anos seguintes.

Existe ainda um desconto que muda o jogo para a clínica pequena: a mesma resolução prevê redução de 80% da anuidade para a microempresa médica. Para ter direito, a empresa precisa ter no máximo dois sócios, ao menos um deles médico, atividade exclusivamente médica, nenhuma filial e nenhum serviço de exames complementares.

Resolução CFM nº 2.447/2025, que fixa as anuidades de pessoas físicas e jurídicas e as condições do desconto de microempresa médica. Valores conferidos em 18 de setembro de 2026. O registro da PJ no conselho decorre do art. 1º da Lei nº 6.839/1980.

Na conta desta página usamos a faixa inicial, de R$ 948,00, porque é a que corresponde a uma clínica aberta com capital social modesto — que é o caso da maioria. Se a sua clínica tem capital social maior, esta linha da sua conta é maior que a do exemplo, e vale conferir em qual faixa ela caiu.

E vale uma observação honesta: o capital social não é um número decorativo. Ele tem efeito jurídico, patrimonial e — como se vê aqui — anual, em dinheiro. A escolha dele está detalhada em capital social: quanto colocar.

O ano inteiro somado, com R$ 15.000 por mês

Agora os números. O exemplo é uma clínica com um médico sócio, sem funcionário, faturando R$ 15.000 por mês — R$ 180.000 no ano. Ela está no Simples Nacional, no Anexo III, porque o pró-labore de R$ 4.200,00 fecha os 28% de Fator R sobre a receita dos doze meses.

A alíquota efetiva sai do Anexo III da Lei Complementar nº 123/2006, na faixa de RBT12 até R$ 180.000,00 (6,00% nominal, sem parcela a deduzir). A contribuição de 11% do sócio está no art. 21 da Lei nº 8.212/1991, recolhida dentro do DAS. A anuidade é a da Resolução CFM nº 2.447/2025, faixa inicial da pessoa jurídica.

São R$ 24.492,00 por ano, ou 13,61% do que a clínica fatura. Repare na proporção: o DAS é R$ 10.800,00, e as outras três linhas somadas são R$ 13.692,00. Quem só olha para o imposto está olhando para menos da metade da conta.

E esse número só é esse por causa de uma escolha. Se o pró-labore fosse menor e a folha não fechasse os 28%, a medicina cairia no Anexo V — e só o DAS passaria de R$ 10.800,00 para R$ 27.900,00 por ano.

O Fator R: a linha que vale R$ 17.100,00 por ano

A medicina está listada no art. 18, § 5º-B, XIX, da Lei Complementar nº 123/2006 — ou seja, é Anexo III por natureza. Mas o § 5º-M, I, do mesmo artigo manda ela para o Anexo V quando a folha de salários dos doze meses anteriores fica abaixo de 28% da receita bruta do mesmo período. Essa razão é o Fator R.

Na prática, quem decide o anexo da sua clínica é o seu pró-labore. Pagar pró-labore alto parece "gastar mais", e por isso muito médico paga o mínimo. É exatamente aí que a conta vira contra ele.

A regra dos 28% está no art. 18, §§ 5º-J e 5º-M, da Lei Complementar nº 123/2006, e a base de cálculo são os doze meses anteriores (§ 5º-K). As alíquotas são as dos Anexos III e V da mesma lei, na faixa de RBT12 de R$ 180.000.

O pró-labore não é despesa jogada fora: ele é a sua retirada, o seu dinheiro, e ainda conta como tempo e salário de contribuição para a sua aposentadoria. O custo real dele é o INSS de 11%, que no exemplo é R$ 462,00 por mês. Contra R$ 1.425,00 de DAS economizado. A conta fecha com folga — e é por isso que o Fator R é a primeira coisa a conferir numa clínica.

A conta completa, com o ponto de virada em reais, está em Fator R: Anexo III ou V, e a calculadora de Fator R faz o cálculo na tela com os seus números.

A mesma clínica em três tamanhos

Uma conta só engana, porque dá a impressão de que o custo cresce junto com o faturamento na mesma proporção. Não cresce. A tabela abaixo é a mesma clínica em três tamanhos, com o Fator R fechado nos três.

Todas as colunas usam o Anexo III da Lei Complementar nº 123/2006, com o RBT12 igual a doze vezes o faturamento mensal. O pró-labore de cada coluna é o que fecha os 28% do Fator R naquele faturamento. A anuidade é a faixa inicial da PJ na Resolução CFM nº 2.447/2025, e não muda com o faturamento — ela muda com o capital social.

Duas coisas saltam. A primeira: a linha que mais cresce é o pró-labore, e com ele o INSS — porque o Fator R é percentual. A segunda: a anuidade é a mesma nas três colunas. Ela não olha para o seu faturamento; olha para o seu capital social. Numa clínica pequena, ela pesa; numa clínica grande, ela some na conta.

E a proporção não é linear: no exemplo de R$ 8.000 por mês o CNPJ consome 17,57% do faturamento, e no de R$ 30.000 consome 13,94%. O custo fixo é o que mais dói no consultório pequeno.

O que essa conta não inclui — e por que isso importa

Seria desonesto deixar a impressão de que os R$ 24.492,00 são o custo total de operar uma clínica. Não são. São o custo de manter o CNPJ — a estrutura formal. A operação tem outras contas, e elas variam demais para caber numa tabela nacional.

Esse último ponto merece destaque, porque é fonte de surpresa todo começo de ano: a clínica paga a anuidade dela e você paga a sua. A pessoa jurídica tem registro próprio no conselho, e o registro do sócio não substitui o da empresa.

As entregas do ano, e o que custa esquecer cada uma

Existe uma quinta categoria de custo que não aparece em nenhum orçamento, porque ela só existe quando alguém falha: a multa por obrigação não entregue. São valores pequenos vistos um a um, e desagradáveis quando se acumulam por meses sem ninguém perceber.

Os valores mínimos de multa estão no art. 38 (declarações anuais) e no art. 38-A (PGDAS-D) da Lei Complementar nº 123/2006. O prazo da DEFIS e da DASN-SIMEI é o do art. 72 da Resolução CGSN nº 140/2018.

A última linha é a que mais custa caro na medicina, e é a menos comentada. A distribuição de lucros só é isenta de imposto de renda se houver escrituração contábil regular demonstrando o lucro. Sem ela, o limite da isenção cai para a presunção do Anexo — e o que passar disso vira rendimento tributável na sua declaração.

Os cinco erros que fazem essa conta sair maior do que precisava

Nenhum desses cinco depende de sorte nem de mercado. Todos são decisão — e todos se corrigem, alguns já no mês seguinte, outros na virada do ano.

O calendário do ano, numa lista só

O resumo

Manter o CNPJ de uma clínica médica que fatura R$ 15.000 por mês custa R$ 24.492,00 por ano no exemplo desta página — 13,61% do faturamento. O DAS é R$ 10.800,00 disso; o restante é INSS, contabilidade e a anuidade do conselho.

Duas decisões movem esse número mais do que qualquer outra coisa. A primeira é o pró-labore, que define o anexo e vale R$ 17.100,00 por ano de diferença no DAS. A segunda é o capital social, que define a faixa da anuidade do CRM e você escolhe uma vez, na abertura, para conviver com ela por anos.

Se a sua clínica já está aberta e você nunca conferiu nenhuma das duas, é bem provável que haja dinheiro parado numa delas. A Hopecont atende clínicas médicas em todo o Brasil, com contabilidade especializada, sem fidelidade e sem multa contratual — nota 5,0 no Google, com 242 avaliações.

Para comparar a conta com a de outro formato, veja MEI, ME ou LTDA para clínica médica; as alíquotas de cada anexo estão em Simples Nacional: tabelas e alíquotas, e as faixas de honorário praticadas no mercado estão em quanto custa a contabilidade mensal.

Perguntas frequentes